Направления исследований

На данный момент в лаборатории «ЦАГИИ» ведутся работы по следующим направлениям:

• Генетика и геномика микроорганизмов
  • Лаборатория «ЦАГИИ» является одной из первых в Беларуси, где начаты работы (июнь 2014 г.) по геномике микроорганизмов, а также метагеномному анализу различных биотопов. В рамках научных программ были  секвенированы и аннотированы геномы ряда бактерий с выраженными антагонистическими свойствами, выявлены гены, ответственные за синтез антимикробных веществ (Bacillus spp. и Pseudomonas spp.). Секвенированы геномы бактериофагов Pf-10, BIM BV-45, BIM BV-45, φЕа2809 и Hena1 — высокоактивных в отношении фитопатогенных бактерий родов Pseudomonas и Erwinia, и перспективных для создания средств защиты растений от бактериозов. Проведен геномный анализ психрофильных микроорганизмов Glaciozyma antarctica, Sporosarcina psychrophila, Carnobacterium sp., Porphyrobacter sanguineus, Pseudomonas lundensis и пр., изолированных из различных источников на территории Антарктиды, с целью выявления потенциальных продуцентов хозяйственно-ценных ферментов и метаболитов.
• Метагеномика
  • С помощью метатаксономического подхода получены данные о сообществах бактерий таких уникальных биотопов как «зелёный снег» и керн из озера Нижнее (Антарктида). Совместно с РНПЦ ДОГИИ впервые в Беларуси изучена кишечная микробиота здоровых людей и пациентов с онкогематологическими заболеваниями, описана динамика микробных сообществ после трансплантации гемопоэтических стволовых клеток.
• Молекулярная фитопатология
  • В лаборатории создана библиотека генетических конструкций, несущих гены, кодирующие белки-харпины фитопатогенных бактерий родов Pectobacterium, Erwinia, Dickeya, Xanthomonas. Показана возможность сверхэкспрессии ряда генов харпинов в клетках сконструированных бактерий-продуцентов, экспериментально продемонстрирована возможность стимуляции иммунитета растений данными белками. Секвенированы и аннотированы геномы актуальных для Беларуси фитопатогенных бактерий: Pectobacterium spp. Erwinia amylovora, Clavibacter michiganensis, Pseudomonas spp. Совместно с лабораторией средств биологического контроля создан определитель грибных и бактериальных возбудителей болезней сельскохозяйственных растений на основе ДНК-типирования.
• Генная инженерия
  • В лаборатории сконструированы оригинальные векторы для экспрессии чужеродного генетического материала в клетках бактерий родов Bacillus и Pseudomonas. Также в нашей лаборатории уделяется значительное внимание созданию и поддержанию коллекций генетических ресурсов, в первую очередь, векторных конструкций для генно-инженерных целей. Подробнее смотрите  здесь.
• Биоинформатика
  • В лаборатории разрабатываются новые средства анализа и обработки нуклеотидных последовательностей. Будем рады, если они окажутся полезными в вашей работе. Подробнее смотрите  здесь.

Предложения к сотрудничеству

• — секвенирование геномов микроорганизмов и вирусов, а также последующий биоинформатический анализ:
  • — оценка качества исходных данных;
  • — сборка генома de novo;
  • — аннотация генома;
  • — направленный поиск интересующих последовательностей или генов;
  • — анализ изменений в геноме по сравнению с ближайшими родственными организмами;
  • — поиск генно-инженерных модификаций генома;
  • — филогенетический анализ;
  • — помощь при депонировании генома в базу NCBI GenBank;
• — изучение особенностей генной регуляции и биотехнологического потенциала микроорганизмов;
• — проведение метагеномных (метатаксономических) исследований природных сообществ, а также клинических образцов;
• — генно-инженерное конструирование микроорганизмов на основе подходов и принципов синтетической биологии;
• — создание векторных конструкций для генно-инженерных целей;
• — оценка антагонистической активности микроорганизмов;
• — молекулярно-генетическая идентификация микроорганизмов (секвенирование 16S рДНК, ITS-регионов и др.);
• — микробиологический анализ растений с признаками заболевания с целью определения возбудителя;
• — разработка компьютерных программ или конвейеров для анализа и обработки нуклеотидных данных.