Лаборатория «Центр аналитических и генно-инженерных исследований»

Руководитель лаборатории:
Валентович Леонид Николаевич, к.б.н.

Телефон: +375 (17) 267-41-44

Факс: +375 (17) 267-47-66

e-mail: valentovichmbio.bas-net.by

 

Центр организован в 2009 году. В августе 2012 реорганизован в лабораторию.

 Сотрудники лаборатории:

1) Научный сотрудник – Евдокимова Олеся Владимировна

2) Научный сотрудник – Семенчукова Екатерина Александровна

3) Младший научный сотрудник – Чеботарёв Лев Юрьевич

4) Младший научный сотрудник – Муратова Анна Алексеевна

5) Младший научный сотрудник – Пилипёнок Надежда Николаевна

6) Младший научный сотрудник – Цинкевич Светлана Вадимовна

 

Основные направления исследований и перспективы научно-технической деятельности:
- конструирование генно-инженерных штаммов-продуцентов биологически активных соединений;
- секвенирование геномов бактерий и вирусов;
- молекулярная фитопатология;
- качественный и количественный анализ органических соединений методами газожидкостной и высокоэффективной жидкостной хроматографии;
- спектрофотометрия в ультрафиолетовом, видимом и ближнем инфракрасном диапазонах (190-1100 нм).

 

Лаборатория на платной основе осуществляет следующие услуги:
- молекулярно-генетическая идентификация микроорганизмов (секвенирование 16S рДНК, ITS-регионов и др.);
- микробиологический анализ растений с признаками заболевания с целью определения возбудителя;
- секвенирование геномов бактерий и вирусов и последующий биоинформатический анализ (оценка качества и фильтрование исходных данных; сборка генома de-novo программами-сборщиками, аннотация генома, направленный поиск интересующих последовательностей или генов; анализ изменений в геноме по сравнению с ближайшими родственными организмами; филогенетический анализ; помощь при депонировании генома в базу NCBI Genbank)

Yes, we can!
Приборно-аналитическая база:
- хроматограф высокого давления HPLC 1260 Infinity с масс-спектрометром Agilent 6530 Accurate-Mass Q-TOF LC/MS System;
- хроматограф высокого давления HPLC Shimadzu LC-30 Nexera;
- хроматограф газовый AgilentTechnologies 7890B с пламенно-ионизационным и фосфор-азотным детекторами;
- хроматограф газовый с пламенно-ионизационным детектором Chrom 5;
- шейкер-инкубатор INFORS HT Ecotron;
- CO2-инкубатор (термостатируемый) HeraCell 150;
- ультрацентрифуги Beckman Coulter Allegra X-30R и Beckman Coulter Avanti J-30I с комплектом роторов;
- градиентный ДНК-амплификатор Agilent SureCycler 8800;
- градиентный ДНК-амплификатор Bio-Rad T100;
- амплификатор с оптическим модулем для ПЦР c детекцией в реальном времени Agilent Mx3005P;
- система гель-документации Bio-Rad ChemiDoc MP;
- электропоратор для трансформации микроорганизмов Bio-Rad MicroPulser;
- холодильная камера ультранизких (-86°С) температур ilShin DF8520;
- хроматографическая система Bio-Rad NGC Scout™ 10;
- спектрофотометр бескюветный Implen Pearl 330;
- спектрофотометр SP-830 Plus Metertech;
- ПЦР-бокс UVT-S-AR BioSan;
- ДНК анализатор (секвенатор) Li-Cor 4300;
- бокс биологической безопасности II класса Esco Airstream AC2-5EI;
- система для вертикального электрофореза белков Cleaver Scientific Ltd. CS-300V и блоттинга Clamp Complete Blotting System CVS10CBS;
- система для активного переноса белков («сухого» вестерн-блоттнинга) BioRad Trans-Blot Turbo Transfer System;
- оптический микроскоп Olympus BX-43;
- весы аналитические Sartorius CPA225D;
а также комплект реактивов и оборудования для выполнения биохимических, микробиологических, молекулярно-биологических и общелабораторных задач.

 

Скрипты на языке «Питон» для обработки нуклеотидных последовательностей:
Для их использования, просто установите интерпретатор версии 3 или выше – https://www.python.org/downloads/

- combinator-FQ_v3.py – скрипт сопоставляет концы последовательностей контигов из файла «contigs.fasta» и сохраняет результат в файле «combinator_output_FQ.txt» в виде строк: № / Название / Длинна / Покрытие / ГЦ / Коэфф. / Аннотация / Начало / Конец. Таким образом можно понять, какие контиги с какими стыкуются, а какие замыкаются в кольцо. Скрипт также рассчитывает LQ-коэффициент.;
- combinator_v2.py – Скрипт сопоставляет концы файлов *.dna из папки «\contigs\» и сохраняет результат в файле ombinator_output.txt в виде строк: «№ Название Длинна Покрытие ГЦ Коэфф. Аннотация Начало Конец»;
- dna2xls_v4.py – Скрипт собирает данные с файлов *.dna в папке «\contigs\» и сохраняет их в файле dna2xls_output.txt в виде строк: «№ / название файла / длинна / покрытие / ГЦ-состав»;
- fasta_4_GC-content_v1.py – Скрипт вычисляет ГЦ-состав каждой последовательности в файле contigs.fasta и сохраняет данные в файле result.txt в виде строк: «название файла / ГЦ-состав»;
- fastq2fasta_v1.py – Скрипт конвертирует все fastq-файлы в папке в fasta-файлы;
- fastq_read_count_v1.py – Скрипт подсчитывает количество прочтений во всех fastq-файлах корневой директории;
- seqator_v1.py – Скрипт перемещает файлы *.dna из папки «contigs» с покрытием ниже указанного (x) и сохраняет их в папке «cov_below_x».

 

Последние публикации:

  1. Пилипчук Т.А., Валентович Л.Н, Титок М.А., Коломиец Э.И.. Особенности молекулярно-генетической организации фага РF-10 // Доклады НАН Беларуси. – 2017. – т.61, №1. – с. 78-84.
    (PDF-файл, 416 Kб)
  2. Мандрик-Литвинкович М.Н., Муратова А.А., Носонова Т.Л.,. Евдокимова О.В, Валентович Л.Н., Титок М.А.,. Коломиец Э.И. Молекулярно-генетический анализ детерминант, определяющих синтез 2,4-диацетилфлороглюцинола бактериями Pseudomonas brassicaсearum БИМ В-446 // Прикладная биохимия и микробиология, 2017, том 53, № 1, с. 38–46.
    (DOI: 10.7868/S0555109917010123)
  3. Евдокимова О.В., Мямин В.Е., Валентович Л.Н.. Идентификация бактерий Bacillus pumilus с помощью видоспецифичной ПЦР // Молекулярная и прикладная генетика: сб. науч. тр. / Институт генетики и цитологии НАН Беларуси; редколл.: А.В. Кильчевский [и др.]. Том 21, 2016. C. 53-63.
    (PDF-файл, 1 Mб)
  4. Муратова А. А., Мандрик-Литвинкович М. Н., Носонова Т. Л., Валентович Л. Н., Коломиец Э. И., Титок М. А. Молекулярно-генетический анализ детерминант, определяющих антимикробные свойства бактерий Pseudomonas brassicaсearum БИМ В-446 // Весцi HAH Беларусi. Сер. бiял. навук. 2016. № 3. стр. 81-84.
    (PDF-файл, 335 Кб)
  5. Гончарова И. А., Арашкова А. А., Евдокимова О. В., Валентович Л. Н., Тригубович А. М., Костеневич А. А. Оптимизация условий выделения ДНК из грибов рода Aspergillus для последующей молекулярно-генетической идентификации // Сборник научных трудов «Микробные биотехнологии: фундаментальные и прикладные аспекты». – Т.8. – 2016. – стр. 62-72.
    (PDF-файл, 727 Кб)
  6. Мямин В. Е., Сидоренко А. В., Валентович Л. Н., Гигиняк Ю. Г., Новик Г. И., Коломиец Э. И. Характеристика микроорганизмов, выделенных из «зеленого снега» прибрежной зоны Восточной Антарктиды // Сборник научных трудов «Микробные биотехнологии: фундаментальные и прикладные аспекты». – Т.8. – 2016. – стр. 106-125.
    (PDF-файл, 724 Кб)
  7. Чеботарёв Л. Ю., Чубанова С. В., Мандрик-Литвинкович М. Н., Купцов В. Н., Валентович Л. Н., Николайчик Е. А. Создание библиотеки генов, кодирующих харпины фитопатогенных бактерий, с целью разработки фитопротекторных средств нового поколения // Сборник научных трудов «Микробные биотехнологии: фундаментальные и прикладные аспекты». – Т.8. – 2016. – стр. 289-311.
    (PDF-файл, 741 Кб)
  8. Е.С. Худницкая, А.Л. Лагоненко, И.Н. Феклистова, М.Н. Мандрик-Литвинкович, Н.В. Сверчкова, Л.Н. Валентович. Поиск биологических средств защиты растений от бактериального ожога // Сборник научных трудов «Микробные биотехнологии: фундаментальные и прикладные аспекты». – Т.7. – 2015. – стр. 292-301.
    (PDF-файл, 464 Кб)
  9. А.В. Сидоренко, М.И. Чернявская, Е.М. Глушень, А.С. Самсонова, М.А. Титок, Г.И. Новик, С.П. Синеокий. Биодеградативный потенциал и видовой состав бактерий из фонда специализированной коллекции микроорганизмов – деструкторов ксенобиотиков // «Микробные биотехнологии: фундаментальные и прикладные аспекты». Сборник научных трудов. Минск: «Беларуская навука», 2015. – Т. 7. – C. 91 101.
    (PDF-файл, 446 Кб)
  10. М.И. Чернявская, А.А. Занюк, А.В. Сидоренко, Г.И. Новик, М.А. Титок. Бактерии-деструкторы нефти из образцов антарктического грунта // «Микробные биотехнологии: фундаментальные и прикладные аспекты». Сборник научных трудов. Минск: «Беларуская навука», 2015. – Т. 7. – C. 458 471.
    (PDF-файл, 1,04 Мб)
  11. Н.Е. Сацункевич, М.С. Угляница, М.А. Титок. Создание тест-системы для обнаружения антибиотиков в окружающей среде // Сборник научных трудов «Микробные биотехнологии: фундаментальные и прикладные аспекты». – Т.7. – 2015. – стр. 80-91.
    (PDF-файл, 436 Кб)
  12. С.В. Чубанова, А.Н. Рымко, Л.Н. Валентович. Клонирование и экспрессия гена ДНК-лигазы бактериофага Т4 в клетках бактерий Escherichia coli // Молодёжь в науке – 2014 : прил. к журналу «Весцi HAH Беларусi». Часть 4 – Сер. биол. наук, сер. мед. наук. – 2015. – стр. 130-135.
    (PDF-файл, 4,26 Мб)
  13. Ананьева И.Н., Рубель И.Э., Валентович Л.Н., Коломиец Э.И., Титок М.А. Молекулярно-генетический и функциональный анализ cry-генов природных бактерий Bacillus thuringiensis // Весцi HAH Беларусi. Сер. бiял. навук. 2015. № 2. стр. 50-55.
    (PDF-файл, 254 Кб)
  14. Lagonenko A.L., Sadovskaya O., Valentovich L.N., Evtushenkov A.N. Characterization of a new ViI-like Erwinia amylovora bacteriophage phiEa2809 // FEMS Microbiol Lett. 2015 Apr;362(7). pii: fnv031. doi: 10.1093/femsle/fnv031.
    (PDF-файл, 809 Кб)
  15. Nikolaichik Y, Gorshkov V, Gogolev Y, Valentovich L, Evtushenkov A. Genome Sequence of Pectobacterium atrosepticum Strain 21A // Genome Announc. 2014 Sep 18;2(5). pii: e00935-14. doi: 10.1128/genomeA.00935-14.
    (PDF-файл, 156 Кб)
  16. М.И. Чернявская, М.В. Козлова, М.А. Титок. Метаболический потенциал микроорганизмов, выделенных из загрязненных нефтью и нефтепродуктами почв // Вестн. БГУ. Сер. 2. – 2014. – № 3. – C. 33-37.
    (PDF-файл, 308 Кб)
  17. Латынский В.С., Валентович Л.Н. Днк-тюнер – программа для конструирования полилинкерных последовательностей молекулярных векторов // Труды Белорусского государственного университета. Физиологические, биохимические и молекулярные основы функционирования биосистем. – 2014 год. – Т. 9, ч. 1. – С. 148-153.
    (PDF-файл, 345 Кб)
  18. Валентович Л.Н., Лозюк С.К., Коломиец Э.И., Титок М.А. Молекулярно-генетическая идентификация биотехнологически значимых бактерий рода Bacillus // Доклады НАН Беларуси. – 2014. – т.58, №1. – с. 89-93.
    (PDF-файл, 248 Кб)

ЦАГИИЦАГИИЦАГИИ

Государственное научное учреждение
Институт микробиологии Национальной академии наук Беларуси

Адрес: 220141, ул. Купревича, 2, Минск, Республика Беларусь
Факс: +(375) 17 267-47-66
E-mail: microbio@mbio.bas-net.by
Контактное лицо:
ученый секретарь Сидоренко Анастасия Вячеславовна


Карта проезда

Форма обратной связи